Le secrétariat général de la Conférence épiscopale est au service de tout ce qui concerne la Conférence épiscopale. Cette dernière est l’organe permanent de tous les évêques belges au service de l’Eglise de Belgique. Les évêques et les évêques auxiliaires y déterminent la politique commune de l’Eglise belge.
Le secrétariat général informe la Conférence épiscopale, la représente, traite les affaires courantes en son nom, suit les travaux des commissions et comités épiscopaux, prépare les assemblées de la Conférence épiscopale, rédige les rapports de réunion et assure le suivi de ces réunions.

Il assure également le secrétariat de la Commission Nationale Catholique pour l’œcuménisme et du Groupe de travail interdiocésain sur les sectes et les nouvelles croyances.